發(fā)明專利申請實質(zhì)審查，是授權前的全面審查，因而涉及的問題及相應的法律條款較多。但是，這并非意味著出現(xiàn)任何一個不符合某專利法條款的問題都必須駁回專利申請，作為駁回理由的法條是法定的。
《專利法實施細則》第五十三條規(guī)定：“依照專利法第三十八條的規(guī)定，發(fā)明專利申請經(jīng)實質(zhì)審查應當予以駁回的情形是指：（一）申請屬于專利法第五條、第二十五條規(guī)定的情形，或者依照專利法第九條規(guī)定不能取得專利權的；（二）申請不符合專利法第二條第二款、第二十條第一款、第二十二條、第二十六條第三款、第四款、第五款、第三十一條第一款或者本細則第二十條第二款規(guī)定的；（三）申請的修改不符合專利法第三十三條規(guī)定，或者分案的申請不符合本細則第四十三條第一款的規(guī)定的?！?br />
因此，上述條款在實質(zhì)審查程序中是法定的必審條款，本節(jié)僅對其中部分內(nèi)容進行說明如下。
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有關申請文件的審查，涉及四個重要法條。
1.申請文件修改是否超范圍
雖然申請人在提交申請文件后，有法定的允許主動修改的機會，包括修改分案的機會，但是修改范圍有法定的限制?！秾＠ā返谌龡l規(guī)定：“申請人可以對其專利申請文件進行修改，但是，對發(fā)明和實用新型專利申請文件的修改不得超出原說明書和權利要求書記載的范圍，對外觀設計專利申請文件的修改不得超出原圖片或者照片表示的范圍。”因此，在實質(zhì)審查時，需要審查申請文件是否修改過，修改是否超出原說明書和權利要求書記載的范圍。
2.權利要求是否清楚以及是否得到說明書支持
根據(jù)《專利法》第二十六條第四款：“權利要求書應當以說明書為依據(jù)，清楚、簡要地限定要求專利保護的范圍?！边@里包含兩個實質(zhì)性要求。
一是權利要求須清楚地限定專利保護的范圍。由于專利保護范圍大小取決于權利要求，因此，如果權利要求表達不清楚，在實質(zhì)審查時就會缺乏明確的審查基礎，而一旦授權，在出現(xiàn)侵權糾紛時，缺乏清楚的比較基礎。
二是權利要求保護范圍不能過大。衡量的標準是說明書公開的內(nèi)容，如說明書僅僅公開了一個特定的技術方案，而權利要求限定的是一個概括的方案，其中包括了本領域技術人員根據(jù)說明書不能聯(lián)想到的方案，則這樣的權利要求得不到說明書的支持，或者說沒有以說明書為依據(jù)。
與之相關的還有另外一個條款，即《專利法實施細則》第二十條第二款：“獨立權利要求應當從整體上反映發(fā)明或者實用新型的技術方案，記載解決技術問題的必要技術特征?！睉斦f，不符合該條款的權利要求是權利要求未得到說明書支持的特定情形。其特定性在于，該條款針對的是獨立權利要求，而權利要求包括獨立權利要求和從屬權利要求。如果一項獨立權利要求沒有包含說明書中描述的要解決技術問題所必要的特征，顯然這樣概括的范圍與其發(fā)明貢獻不相匹配，即沒有以說明書為依據(jù)。
3.說明書是否充分公開
與之相關的法律條款是《專利法》第二十六條第三款：“說明書應當對發(fā)明或者實用新型作出清楚、完整的說明，以所屬技術領域的技術人員能夠?qū)崿F(xiàn)為準；必要的時候，應當有附圖。摘要應當簡要說明發(fā)明或者實用新型的技術要點?！?br />
在理解該條款時，需要注意兩點。一是這里所說的“對發(fā)明或者實用新型作出清楚、完整的說明”，是指針對權利要求限定的方案而言。比如，說明書描述了一種新型汽車的發(fā)動機和離合器，但是權利要求中僅要求保護發(fā)動機的技術方案，在此情況下，即便離合器的描述不清楚、不完整，也不能據(jù)此認定專利申請說明書不符合《專利法》第二十六條第三款。二是“清楚、完整”與“所屬技術領域的技術人員能夠?qū)崿F(xiàn)”不是相互獨立的要求，后者是衡量是否“清楚、完整”的標準。
4.遺傳資源是否說明來源
在發(fā)明的完成需要依賴遺傳資源的情形下，申請人應當在專利申請文件中說明該遺傳資源的直接來源和原始來源，申請人無法說明原始來源的，應當陳述理由。
